调查显示，30%的重点物流企业反映税收负担增加。被调查企业2016年缴纳各项税金及附加占主营业务收入的4.3%，占企业净利润的119.8%，税收负担超过企业净利润水平，企业税负依然较重。

2016年5月1日，“营改增”全面实施。调查显示，换算成营业税体制，重点企业缴纳增值税平均增加13.2%，其中，运输型企业中的公路货运企业交通运输业务缴纳增值税平均增长76.2%，虽较上年增幅有所下降，但总体增长仍处于较高水平。

1.通行费抵扣减税效应不足。2016年5月1日开始，物流业最为关注的道路通行服务 (包括过路费、过桥费、过闸费等)纳入经营租赁服务，并“按照不动产经营租赁服务缴纳增值税”，适用11%的税率。但同时规定，公路经营企业中的一般纳税人收取试点前开工的高速公路车辆通行费，可以选择适用简易计税方法，减按3%的征收率计算应纳税额。

从政策实施情况看，公路经营企业都选择了3%的简易计税方法，政府还贷高速公路通行费无法抵扣。由于经营性公路仅占收费公路的57%，行业实际享受的抵扣率仅为1.72%。通行费作为物流企业特别是运输型企业重要成本支出之一，占成本支出的三成以上。由于抵扣水平偏低，对于物流企业的减税力度不够。此外，重点企业反映，纸质路桥通行证无法鉴别认证，存在假票风险。北京、重庆、福建等省市税务部门不允许对通行费进行进项抵扣。

建议15：将高速公路和一级、二级收费公路统一适用6%的税率抵扣进项。对于政府还贷高速公路也统一按照6%的税率抵扣。建设全国统一的收费公路通行费发票服务平台，实现全国公路通行费电子发票抵扣。

2.进项抵扣不足的问题没有缓解。目前，公路货运企业税负大幅增加的问题仍没有得到有效解决，主要原因是进项抵扣不足。与其他运输市场不同，公路货运业主要采取“个体业户分散经营、货运企业整合运力”的市场格局。由于承担公路货物实际运输服务的主要是个体运输业户，按照小规模纳税人管理，无法给下游整合运力的货运企业开具11%的增值税专用发票。个体运输户难以通过开具足额的销项票把税负传递给下游货运企业，增值税抵扣链条不完整，导致公路货运企业进项抵扣不足。

据介绍，由于公路货运业具有网络化经营的特征，个体运输业户区域性或全国性异地经营是市场常态。当前税收征管制度对个体运输业户异地开票的限制没有解决，个体业户无法为下游企业提供发票，增值税抵扣链条出现断裂，更增加了公路货运企业的税收负担。

目前，国家明确将“无运输工具承运业务”纳入应税科目，并规定“按照交通运输服务缴纳增值税”，适用税率从6%变为11%。交通运输部开始无车承运人试点，为“互联网+政务”在物流行业的率先应用，完善物流行业税收征管模式，提供了重要平台。

目前，大部分公路货运企业外包公路运输业务时，代个体运输业户集中采购运输过程中所需的燃油、通行费等成本，由此取得企业可抵扣的增值税专用发票。

建议16：物流企业外包公路运输业务，为个体运输业户集中采购运输过程中所需的燃油费、通行费所取得的增值税专用发票，纳入物流企业进项抵扣。结合金税三期上线，明确交通运输业个体运输业户异地代开增值税专用发票管理制度。

3.“营改增”财政补贴政策不可复制、不能延续。从“营改增”试点起，为了解决“营改增”后部分企业税负明显增加的问题，许多地方政府推出了相应的补贴政策。对“营改增”后税负比营业税体制下增加的部分，通过财政支持的方式返还。但此项政策各地执行不统一，不少地方没有补贴;一些开始有补贴的地方，也在减少甚至取消补贴，无疑提高了企业的税负成本，有违国家关于“所有行业税负只减不增”的要求。

建议17：将交通运输服务税率调整为6%，与物流辅助服务的税率相同，同时取消现有补贴政策。如延续现行税率，就应该顺延补贴支持政策，直至没有差额后自动停止。由于“营改增”补贴政策是以增值税税负高于计算营业税税负的差额来进行补贴的，只要存在差额，就应按原政策执行。

4.土地使用税减半征收政策到期。调查显示，物流企业大宗商品仓储设施用地城镇土地使用税减半征收政策实施四年多以来，57.1%的企业享受到了土地使用税减半征收政策的实惠，物流企业税负明显下降。该项政策已于2016年年底到期，面临下一步政策接续问题。

调查企业反映，土地使用税减半征收政策在落实过程中还存在一些问题，部分地区调整土地级别导致减税效应不足，对于拥有仓储设施的物流企业定义范围过窄，降低了政策普适性。随着物流分工深化细化，出现了专门提供仓储设施的建设和运营商。但是，许多地区不把这类企业认定为物流企业，导致他们不能享受土地使用税减半征收政策，降低了政策的普惠性。此外，对仓储设施适用货物种类限制范围过小，与消费相关的商品仓储设施用地难以享受该政策。对于租用土地无法享受该项政策，减税效应大大降低。

建议18：延续和调整土地使用税减半征收政策。至少到2020年年底，对物流企业、物流园区、物流仓储设施投资运营商自有或租用的仓储设施用地，按所属土地等级适用税额标准减半计征城镇土地使用税，不再限制仓储设施适用货物种类。